溶劑的選擇，當然是便宜，安，環保的了，所以，大多選用石油醚，乙酸乙酯。文獻中有寫用正己烷的，太貴了，除非需要不要用不然銀子嘩嘩的，流的比淋洗劑還快，不過，因為性小，有時還是非它不可。乙醚也可以用，但是，就是容易睡覺，注意保持清醒別讓溶劑流干了，那樣柱子也就不爽了。

    二氯甲烷也有用的，但是，要知道，它和硅膠的吸附是一個放熱過程，所以，夏天的時候經常會在柱子里產生氣泡，天氣冷的時候會好一些。甲醇，據說能溶解部分的硅膠，所以，產品如果想過元素分析的話要留神，應該經過后繼處理，比如，重結晶等。其他溶劑用的相對較少，要依個人的不同需要選擇。

    由于某些原因，用到的淋洗劑多是大包裝的（便宜嘛），我們這里是用10升或25升的塑料桶裝的，就要注意這些工業品的純度是較低的。經常能夠從送來的大桶底部看見有色的雜質，其他的雜質就可想而知了，所以在比較嚴格的柱分時就要對溶劑重蒸。當然，過原料時就可以免去這一步了，反正下面還有提純的方法。

    另外，溶劑在過柱子后好也回收使用，一方面環保，另一方面也能節省部分經費，缺點是要消耗一定的人工。這里要注意的是，一般在過柱同時進行的是減壓旋蒸，石油醚和乙酸乙酯的比例由于揮發度的不同會導性的變化，一般會使得性變大，在梯度淋洗時比較合適，正好性越來越大了。在過完柱子后，溶劑后回收要采用常壓，因為在減壓旋蒸時會有部分低沸點的雜質一起出來，常壓時就會減少這種現象，如果雜質和你下面要過的樣品有反應那就慘了。